Sinopse: A vida comum do estudante do ensino médio Ayato Kamina é virada de cabeça para baixo quando Tóquio é subitamente invadida por caças futuristas. Em meio ao caos, ele encontra uma mulher chamada Haruka Shitow que afirma ser de uma organização governamental chamada TERRA. Ela revela que ele está vivendo em uma bolha de tempo chamada "Tóquio Júpiter", que foi posta em prática pelos Mulians - humanóides de outra dimensão - em uma tentativa de isolar e dominar Tóquio. O TERRA vem tentando romper a barreira que cerca a cidade desde então. Incapaz de processar a revelação, Ayato entra em pânico e foge. Ele encontra sua colega de classe Reika Mishima, que o leva a um lugar chamado "O Santuário de Xephon", onde um grande ovo dorme. Ela começa a cantar e um poder desconhecido desperta dentro de Ayato, conectando-o a um ser chamado RahXephon que sai do ovo. Pouco depois, Haruka o encontra novamente e tenta fazê-lo se juntar a sua causa de lutar contra os Mulians. Preso entre a mira dos Mulians e TERRA, Ayato começa a questionar seu propósito, navegando em memórias alteradas e, finalmente, sua própria identidade neste novo mundo caótico.