Sinopse: Mikoto Misaka e seus amigos estão de volta, investigando rumores em toda a Academy City. Logo, Mikoto descobre algo aterrorizante: experimentos horríveis estão ocorrendo em toda a cidade, envolvendo o assassinato de milhares de espers. Além disso, esses espers estão longe de ser apenas pessoas comuns: são clones da própria Mikoto. Sentindo-se responsável por seu tratamento, ela parte para acabar com os experimentos; no entanto, as forças que se opõem a ela são muito mais perigosas do que ela esperava, e Mikoto se encontra contra alguns dos espers mais poderosos imagináveis. Toaru Kagaku no Railgun Scontinua a história do Railgun enquanto ela luta desesperadamente para acabar com os experimentos desumanos que ela acredita ter ajudado a causar, sua vida arrastada para o desespero no processo. Nunca há um momento de tédio em Academy City, mas ninguém nunca disse que todos seriam agradáveis.