Atenção: Suisei no Gargantia Episódios Especiais 14 e 15, lançados com o primeiro e terceiro volumes BD/DVD.
Sinopse: Em um futuro distante, a maioria dos humanos deixou a Terra, e a Aliança Galáctica da Humanidade é fundada para guiar a exploração e garantir a prosperidade da humanidade. No entanto, uma ameaça significativa surge na forma de criaturas estranhas chamadas Hideauze, resultando em uma guerra interestelar para impedir a extinção da humanidade. Armado com Chamber, um robô autônomo, o tenente Ledo de 16 anos da Aliança Galáctica se junta à batalha contra os monstros. Em uma infeliz reviravolta, Ledo perde o controle durante a batalha e é lançado para os confins do espaço, caindo em uma Terra inundada. No planeta azul, Gargantia - uma grande frota de naves necrófagas - encontra Chamber e o recupera do oceano, pensando ter recuperado algo de valor. Confundindo suas ações com hostilidade, Ledo foge a bordo e leva uma jovem mensageira chamada Amy como refém, apenas para perceber que os moradores de Gargantia não são tão perigosos quanto ele acreditava. Diante da incerteza e incapaz de se comunicar com seus companheiros no espaço, Ledo tenta se orientar e se adaptar a um novo estilo de vida. Mas seus dias de paz estão prestes a durar pouco, pois há mais neste planeta coberto de oceanos do que aparenta.