Sinopse: Touma Kamijou não consegue descansar. Após a invasão de Academy City, as tensões políticas continuam a aumentar à medida que as facções da ciência e da magia colidem de frente. Parece que a Academy City pretende declarar guerra contra a Igreja Católica Romana, consequentemente mergulhando o mundo inteiro em uma guerra global. Touma logo se encontra na linha de frente mais uma vez, lutando para proteger seus amigos e aliados. Toaru Majutsu no Index III serve como a última parcela da franquia original, enquanto Touma, Accelerator e o verdadeiro Nível 0 Shiage Hamazura continuam suas jornadas separadas, levando ao ato final da série original de light novels.
