Sinopse: Em 2035, um incidente conhecido como “The Burst” ocorre em uma instalação de pesquisa japonesa, dando origem à “Matéria” em rápida expansão, consumo e auto-replicação. Serpenteando através dos restos de barragens e instalações militares no Kurobe Gorge, o hostil Matter é assediado por forças-tarefa que tentam impedi-lo de chegar ao oceano e mercenários que buscam a verdade por trás de sua existência. Aiko Tachibana vive sob constante vigilância médica após ser resgatada da Matéria. Ela passa seus dias esperando sua recuperação fazendo aviões de papel. Logo, sua vida diária na escola é perturbada pela chegada do estudante transferido Yuuya Kanzaki, que passa a apontar uma série de inconsistências em relação ao seu corpo. Por que ela nunca se machuca e por que de repente ela não precisa mais de sua cadeira de rodas? Ele afirma que há mais em sua existência do que ela foi levada a acreditar, e que ela sozinha detém a chave para acabar com The Burst. Com muitas facções agora interessadas em Aiko, ela e Yuuya devem reunir aliados e embarcar em uma perigosa peregrinação ao coração do desfiladeiro infestado antes que a rede possa se fechar ao redor deles. Para escapar da conspiração que se move contra eles, a dupla deve enfrentar a Matéria - um inimigo que flui como água.